La directive « Habitats, faune-flore » définit l’état de conservation d’une espèce comme « l’effet de l’ensemble des influences qui, agissant sur l’espèce, peuvent affecter à long terme la répartition et l’importance de ses populations sur un territoire donné. »
 
L’état de conservation peut être considéré favorable ou défavorable.
Il sera dit favorable lorsque :

 les études montrent que l’espèce en question est susceptible de continuer à être un élément viable des habitats naturels auxquels elle appartient ;

 l’aire de répartition de l’espèce ne diminue ni ne risque de diminuer dans un avenir prévisible ;

 il existe et il continuera probablement d’exister un habitat suffisamment étendu pour que ses populations se maintiennent sur le long terme.
En d’autres termes, l’état de conservation favorable peut être décrit comme une situation dans laquelle un type d’habitat ou une espèce se porte suffisamment bien en termes qualitatif et quantitatif, et a de bonnes chances de continuer sur cette voie.

L’objectif des politiques et des réglementations étant de maintenir ou de parvenir à un état de conservation favorable des espèces de faune sauvage, il importe donc de mesurer régulièrement les paramètres de cet état de conservation.
En fonction des résultats obtenus, il est alors possible d’apprécier la pertinence des actions et des réglementations en cours pour, si cela est nécessaire, ajuster leur contenu : classement d’une espèce parmi la liste des espèces protégées, lancement d’un plan national d’actions, orientations des mesures de gestion en faveur d’une espèce sur un territoire...
A la demande du ministère du Développement durable, les établissements publics de l’Etat en charge de la connaissance et de la conservation de la biodiversité sont amenés à apprécier l’évolution de l’état de conservation des espèces de faune sauvage. A cet effet, ils opèrent un suivi biologique des espèces sur la base de protocoles précis. De tels suivis sont mis en oeuvre avec le concours des associations ou organisations intéressées qui, elles-mêmes peuvent réaliser de tels suivis.

En Europe et à l’International

A l’échelon européen, en application de la directive « Habitats, faune - flore », une évaluation de l’état de conservation des espèces et des habitats naturels visés par cette directive est obligatoire tous les six ans. La première évaluation a été réalisée en 2007 .
Pour plus d’informations consultez le site Natura 2000.
Au niveau international, l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN) a développé une méthodologie propre à apprécier le degré de menace qui pèse sur les espèces de faune et de flore sauvages. L’application de cette méthodologie conduit à l’établissement de listes rouges en fonction des groupes d’espèces et des territoires.
Le ministère soutient ainsi un vaste programme de mise à jour des listes rouges des espèces présentes sur le territoire national. Ce programme est piloté par le Comité français de l’UICN et le Muséum National d’Histoire Naturelle, en collaboration avec l’ensemble des Etablissements publics, associations et organisations concernées.
Pour plus d’information sur ce programme et ses résultats, consultez le site de l’UICN.