Continuité écologique des cours d'eau

Publié le Jeudi 20 octobre 2016
La continuité écologique est une notion que les lois « Grenelle » de 2009 et 2010 ont mise en avant en créant la trame verte et bleue. Toutefois, la notion de continuité écologique des cours d’eau (circulation des poissons et transport des sédiments) existait dans sa dimension « circulation des poissons », depuis bien longtemps. Les 1ers classements de cours d’eau sur lesquels les barrages devaient être aménagés pour leur franchissement par les poissons, ont été imposés par une loi de 1865 ! A partir de 1984, l’obligation d’aménagement de « passes à poissons » dans un délai de cinq ans, s’est appliquée à de nombreux ouvrages existants. La question est donc loin d’être nouvelle, même si sa pertinence a été renforcée par l’objectif d’atteinte du bon état des cours d’eau fixé par la directive cadre sur l’eau de 2000. Les présentes pages expliquent l’importance de restaurer suffisamment cette dimension essentielle du fonctionnement des cours d’eau.

Définitions de la continuité écologique

La définition précise de la continuité écologique ne limite pas la libre circulation aux seuls poissons mais plus largement aux « organismes aquatiques » (définition de la continuité de la rivière à l’annexe 5 de la DCE) ou encore aux « espèces biologiques » (définition de la rubrique 3110 de la nomenclature « eau » annexée à l’article R.214-1 du code de l’environnement), c’est-à-dire à tous les éléments vivants de la rivière. L’article R.214-109 fait quant à lui référence également à l’hydrologie des réservoirs biologiques.

Cette circulation se fait « passivement », par le seul fait de l’écoulement de l’eau, pour certaines espèces, c’est le cas des algues des invertébrés, des diatomées, des larves, du zooplancton, etc. ; et activement pour d’autres, comme les poissons, (mais aussi les mammifères (loutre) et les amphibiens). La circulation « active » est généralement appelée « migration ».

De manière plus développée, la continuité écologique c’est :

  • l’ensemble des processus physiques, physico-chimiques et écologiques se déroulant selon les 3 axes de fonctionnement de l’hydrosystème (qui est le système composé de l’eau et des milieux aquatiques associés dans un secteur géographique délimité, notamment un bassin versant . Source : glossaire DCE 2004)
  • et l’ensemble des processus de déplacements actifs des organismes vivant dans l’hydrosystème.

Pour une action mieux comprise, la réglementation française simplifie la continuité écologique à la libre circulation des poissons et au transport sédimentaire. C’est pourquoi dans le cadre de la restauration de la continuité écologique imposée par les classements de cours d’eau prévus au L.214-17 du code de l’environnement, la circulation qui doit être assurée est celle des poissons uniquement.

Obligations européennes et internationales

Des cours d’eau en bon état pour plus de services rendus gratuitement à l’homme !

Ce n’est pas tant pour rétablir la biodiversité aquatique dans les cours d’eau que les pays européens se sont fixé une obligation de les remettre en « bon état », que surtout pour bénéficier à nouveau des services gratuits qu’un cours d’eau en bon état peut rendre dans de nombreux domaines comme :

  • l’épuration des eaux usées : un cours d’eau qui fonctionne bien, c’est un cours d’eau qui comme son nom l’indique, court, et ne stagne pas, et dont la course varie entre hautes eaux et basses eaux ; dans ces conditions il est capable de finir le travail de la station d’épuration à un coût bien inférieur aux aménagements qu’il faudrait faire sur cette station pour qu’elle atteigne un niveau d’épuration équivalent.
  • le ralentissement des écoulements en crue : un cours d’eau qui fonctionne bien, c’est un cours d’eau qui méandre dans certains secteurs et prend son temps pour s’écouler : il ne va pas tout droit et à toute vitesse sur la ville en aval ; c’est un cours d’eau qui érode et transporte des sédiments : cette charge « solide » alourdit l’eau et ralentit son écoulement ; elle arrive moins vite et avec moins de force sur les zones urbanisées en aval, réduisant les dégâts potentiels.
  • l’expansion des crues : un cours d’eau qui fonctionne bien, c’est un cours d’eau qui peut s’étaler latéralement dans certains secteurs où il est connecté avec ses annexes hydrauliques ou avec des zones humides qui peuvent absorber les eaux de crues ; les eaux arrivent en moindre quantité et moins vite sur les zones urbanisées, qui ont moins besoin de se protéger par de coûteux aménagements

C’est pour retrouver ces services gratuits que la DCE a été lancée, sur le constat que nous étions allés trop loin dans l’artificialisation des cours d’eau, leur endiguement et leur segmentation, dans les pollutions et dans les prélèvements.

Elle a pris comme indicateur de « résultat » les espèces biologiques (les bonnes espèces au bon endroit) car leur présence et leur abondance est une indication que le cours d’eau fonctionne suffisamment bien pour rendre les services gratuits attendus.

On le voit bien, l’hydromorphologie est le cœur de la restauration de « cours d’eau qui fonctionnent bien » :

  • remettre de l’eau, en prélever moins,
  • rétablir des eaux courantes,
  • rétablir des variations dans les écoulements,
  • rétablir la circulation des poissons, le transport sédimentaire et diversifier les faciès du lit,
  • désendiguer, reméandrer, reconnecter des annexes latérales, etc.

c’est indispensable pour atteindre le bon état !

La directive cadre sur l’eau (DCE)

La directive cadre sur l’eau du 23 octobre 2000 (DCE) fixe pour les cours d’eau un objectif d’atteinte du bon état écologique, en 2015, sauf dérogation dûment justifiée, avec des possibilités de report à 2021 ou 2027, lui aussi dûment justifié.

Qu’est-ce que le bon état écologique ?

- L’état écologique repose sur une évaluation de la diversité et de l’abondance des éléments biologiques présents dans le cours d’eau réalisée par rapport à une situation de référence (milieux du même type non perturbés).

Les éléments biologiques sont constitués par :

  • la flore : macrophytes (plantes), phytoplanctons et diatomées (algues microscopiques),
  • la faune invertébrée benthique : qui vit au fond du lit,
  • et les poissons ; pour ces derniers, la répartition par classe d’âge est également un élément d’évaluation, en plus de leur diversité et de leur quantité.

La qualité biologique est soutenue par des éléments de qualité hydromorphologique et de qualité physico-chimique, qui entrent en compte dans l’évaluation finale.

- La qualité hydromorphologique dépend du niveau de perturbation :

  • du régime hydrologique (quantité et dynamique des débits, connexion aux nappes souterraines),
  • de la « continuité de la rivière » dont la qualité s’évalue en fonction du niveau de liberté de circulation des organismes aquatiques et du transport des sédiments (supports de la diversité d’habitats),
  • et de la morphologie du lit (types de chenaux, largeur et profondeur du lit, vitesses d’écoulement, état du substrat, structure et état des berges).

- La qualité physico-chimique dépend du niveau de perturbation :

  • de la température, de l’oxygène, de l’acidité, de la salinité, de la concentration en nutriments,
  • par la présence de certains polluants spécifiques.

Au-delà des apports extérieurs, cette qualité physico-chimique dépend elle-même très fortement de la qualité hydromorphologique.

Tous les éléments de qualité interagissent.

Ainsi, comme précisé ci-dessus, l’hydromorphologie de la rivière, et particulièrement la continuité, est le vrai cœur de la qualité écologique des cours d’eau, car elle influe sur l’ensemble des autres éléments que sont la quantité d’eau, la variation des débits, la régénération d’habitats diversifiés, l’auto-épuration, la température, etc. Donc plus on améliorera l’hydromorphologie (débits, continuité, faciès du lit) plus on se donne les moyens d’atteindre le bon état écologique.

Compte tenu de son importance dans le fonctionnement des écosystèmes, la restauration de la continuité écologique, et plus largement d’une hydromorphologie moins perturbée, constitue bien un enjeu majeur pour la préservation de la biodiversité et l’atteinte d’un bon état écologique des eaux exigée par la DCE.

D’ailleurs, les états des lieux réalisés dans les Etats membres en 2004 puis en 2009, donnent, à égalité, dans la majorité des Etats, comme premières causes de non atteinte du bon état écologique, les pressions hydromorphologiques comme la fragmentation ou la canalisation des cours d’eau, ainsi que les pollutions diffuses. Au vu de ces résultats dans les Etats membres, la Commission européenne a établi en 2012 un plan de sauvegarde des ressources en eau de l’Europe, appelé « Blue Print » qui vise à améliorer la mise en œuvre de la politique de l’eau, notamment par une meilleure intégration des objectifs dans les politiques sectorielles exerçant des pressions sur cette ressource. Ce plan met en avant l’importance des pressions hydromorphologiques dans l’état écologique des cours d’eau et la nécessité de leur atténuation, notamment par le rétablissement de la continuité écologique.

Le règlement "anguille"

Anguille
Crédits : ONEMA - P. Baran

Le règlement européen n°1100/2007 du 18 septembre 2007 institue des mesures de reconstitution du stock d’anguilles européennes afin de favoriser le retour des géniteurs (anguilles argentées) vers le lieu de reproduction. A ce titre, chaque Etat membre a dû établir un plan de gestion comprenant non seulement des mesures visant à réduire la mortalité par pêche, mais également des actions sur les autres facteurs de mortalité.

Le plan de gestion français de l’anguille a ainsi prévu des actions sur la continuité écologique, tant à la montaison, pour permettre aux jeunes anguilles (civelles puis anguilles jaunes) d’atteindre des sites de croissance (elles vont passer une dizaine d’années dans l’eau douce des rivières ou au cœur des milieux humides), qu’à la dévalaison, pour limiter les mortalités lorsque les anguilles adultes (argentées) retournent vers la mer pour se reproduire.

Les autres engagements européens ou internationaux pour la biodiversité aquatique

La France a pris différents engagements internationaux visant à stopper l’érosion de la biodiversité et inverser le processus de disparition.

Le Saumon atlantique est inscrit dans les espèces à protéger dans l’espace européen au titre de la convention de Berne dont la France est signataire.

La France est également engagée auprès de l’OCSAN (Organisation pour la Conservation du Saumon de l’Atlantique Nord), qui est une organisation intergouvernementale créée en 1984 sur la base d’une convention, pour contribuer à la conservation, la restauration, la mise en valeur et la gestion rationnelle des stocks de saumon dans l’Océan Atlantique Nord. L’OCSAN a pour parties contractantes les Etats-Unis d’Amérique, le Canada, la Norvège, le Danemark (au nom des Îles Féroé et du Groenland), la fédération de Russie et l’Union Européenne. La France y est présente, non seulement au titre de l’Union européenne, mais aussi en tant qu’observateur pour Saint-Pierre-et-Miquelon. L’ONEMA est mandaté par le Ministère pour représenter la France.

Chaque territoire de la convention OCSAN développe actuellement un plan quinquennal (2013-2018), déclinant un certain nombre de mesures à prendre pour respecter les recommandations de l’organisation. La protection et la restauration de l’habitat et des migrations du saumon est un pan important de ce plan.

La politique française de restauration de la continuité écologique des cours d’eau

Les travaux réalisés dans le cadre du Grenelle de l’environnement ont mis en évidence l’importance de restaurer la continuité écologique sur les cours d’eau. Un plan national d’actions pour la restauration de la continuité écologique des cours d’eau (PARCE) a été lancé le 13 novembre 2009 et formalisé dans une circulaire du 25 janvier 2010.

Le plan national d’actions pour la restauration de la continuité écologique des cours d’eau (PARCE)

Ce plan s’appuie sur cinq piliers complémentaires :

  1. l’amélioration de la connaissance avec la mise en place par l’ONEMA d’un référentiel national unique inventoriant l’ensemble des obstacles existants (ROE : Référentiel des Obstacles à l’Ecoulements),
  2. la définition de priorités d’actions par bassin, s’appuyant sur les SDAGE, leurs programmes de mesures, et depuis 2012 sur les classements de cours d’eau au titre du L.214-17 du code de l’environnement.
  3. les aides des agences de l’eau au financement des aménagements ou travaux nécessaires ;
  4. la mise en œuvre de la police de l’eau pour la prescription des aménagements et travaux, appuyée si possible par une prise en charge de la gestion du cours d’eau par une maîtrise d’ouvrage publique locale qui pourra porter une étude globale des interventions à prévoir ;
  5. l’évaluation des bénéfices environnementaux des aménagements et travaux réalisés afin d’enrichir les connaissances par capitalisation des retours d’expériences.

Depuis 2012, le PARCE a comme priorité d’action la mise en œuvre des obligations liées aux classements de cours d’eau.

Le classement des cours d’eau avec l’article L. 214-17 du code de l’environnement

Avant 2006, deux types de classements de cours d’eau existaient :

  • L’un au titre de l’article 2 de la loi de 1919, modifié en 1980, communément appelé « classement en rivières réservées », qui interdisait la création de toute nouvelle centrale hydroélectrique ;
  • L’autre au titre de l’article L.432-6 du code de l’environnement, issu d’une loi de 1865 complétée en 1984, communément appelé « classement passes à poissons ».

La loi sur l’eau et les milieux aquatiques (LEMA) du 30 décembre 2006 a permis de réviser ces classements de manière à en faire des outils pour le respect des objectifs d’atteinte du bon état et de non dégradation de la DCE et de préservation et restauration des migrateurs amphihalins.

Depuis 2006, ces nouveaux classements sont inscrits à l’article L. 214-17 du code de l’environnement et sont répartis en deux listes :

Liste 1

Le classement des cours d’eau au titre du 1° de cet article est communément appelé « classement en liste 1 ».

Il se fait parmi les rivières :

  • qui sont en très bon état écologique,
  • ou identifiées par les SDAGE comme jouant le rôle de réservoir biologique nécessaire au maintien ou à l’atteinte du bon état écologique des cours d’eau d’un bassin versant,
  • ou dans lesquelles une protection complète des poissons migrateurs amphihalins est nécessaire.

Sur ces cours d’eau, la construction d’un nouvel obstacle à la continuité écologique ne peut pas être autorisée et le renouvellement de l’existant est subordonné à des prescriptions permettant de respecter ces trois critères précédemment cités.

Liste 2

Le classement des cours d’eau au titre du 2° de cet article est communément appelé « classement en liste 2 ».

Il se fait parmi les cours d’eau dans lesquels il est nécessaire d’assurer un transport suffisant des sédiments et la circulation des poissons migrateurs. Les poissons migrateurs ne se limitent pas ici aux seuls migrateurs amphihalins mais bien à tous les poissons qui effectuent une certaine migration entre différents lieux d’habitats, notamment de reproduction (comme la truite, le brochet, le chabot, etc.)

Sur ces cours d’eau, tout ouvrage doit être géré, entretenu et équipé pour assurer la continuité écologique dans les 5 ans après la publication de la liste 2.

Les arrêtés de classement des cours d’eau

La procédure de classement est menée par le préfet coordonnateur de bassin. Les arrêtés de classement ont été signés sur les bassins suivants :

  • Classements du bassin Loire-Bretagne
  • Classements du bassin Artois-Picardie
  • Classements du bassin Rhin-Meuse
  • Classements du bassin Seine-Normandie
  • Classements du bassin Rhône-Méditerranée
  • Classements du bassin Adour-Garonne
  • Classements du bassin de la Martinique
  • Classements du bassin Corse
  • Classements du bassin de la Guadeloupe

La mise en œuvre des classements des cours d’eau

La mise en œuvre des mesures administratives nécessaires à la restauration de la continuité écologique s’appuie sur le cadre général de la police de l’eau.

Les fiches annexées à la circulaire du 25 janvier 2010 précisent les conditions de mise en œuvre de la police de l’eau pour la restauration de la continuité écologique :

  • Fiche n°1 : textes applicables
  • Fiche n°2 : type d’intervention
  • Fiche n°3 : détermination du caractère autorisé ou non d’un ouvrage
  • Fiche n°4 : actions sur les ouvrages « non autorisés »
  • Fiche n°5 : retrait d’autorisation
  • Fiche n°6 : actions sur les fondés en titre et autres « autorisations perpétuelles »
  • Fiche n°7 : cas des ouvrages sur le DPF
  • Fiche n°8 : la maîtrise d’ouvrage publique

La circulaire du 18 janvier 2013 précise les conditions de mise en œuvre des restrictions imposées aux obstacles à la continuité écologique en liste 1 et des obligations d’aménagement des ouvrages en liste 2.

Les obstacles à la continuité écologique dans le champ d’application de la police de l’eau

Dans le cadre de la police de l’eau (articles L. 214-1 et suivants du code de l’environnement), certains IOTA (installations, ouvrages, travaux et activités) sont soumis à autorisation ou à déclaration. Les obstacles à la continuité écologique entrent dans ce cadre (rubrique 3.1.1.0. de la nomenclature annexée à l’article R. 214-1 du code de l’environnement). La construction d’un nouvel ouvrage doit donc faire l’objet d’une procédure de ce type.

Pour les ouvrages existants, le Préfet peut imposer la réalisation d’études ou de travaux, ainsi que la mise en œuvre de mesures de gestion. Il peut également, dans certains cas, retirer des autorisations et ordonner la remise en état du cours d’eau (article L. 214-4-II du code de l’environnement).

La restauration de la continuité écologique faisant partie des intérêts de la gestion équilibrée de l’eau énumérés à l’article L.211-1 du code de l’environnement, la prescription de mesures dans cet objectif n’est pas limitée aux seuls ouvrages se trouvant sur des cours d’eau classés. Les classements de cours d’eau en liste 2 constituent seulement un programme obligatoire et à échéance de 5 ans, de restauration de la continuité écologique sur des tronçons donnés.

Les autorisations, déclarations, modifications importantes des seuils et barrages en rivières, ainsi que la remise en exploitation des anciennes installations de type « moulins » ou petites usines du 19ème siècle de moins de 150 kW, sont encadrées, notamment, par l’arrêté du 11 septembre 2015 fixant les prescriptions techniques générales de la rubrique 3.1.1.0.

La trame verte et bleue

Les lois de 2009 et 2010 relatives à la mise en œuvre du Grenelle de l’environnement ont créé le concept de trame verte et bleue à mettre en place sur tout le territoire Français à travers des Schéma Régionaux de Cohérence Ecologique, afin de préserver et restaurer les continuités écologiques terrestres et aquatiques. (Document-cadre Orientations nationales pour la préservation et la remise en été des continuités écologiques)
Les classements de cours d’eau au titre du L.214-17 du code de l’environnement forment le socle principal de la composante bleue de la trame verte et bleue.